لدى خروج السوفييت من أفغانستان دبت الخلافات والنزاعات بين الفصائل الجهادية الأفغانية كان عزام – على عكس أسامة بن لادن – يصر على عدم التدخل في تلك الصدامات والانحياز إلى طرف دون آخر. كما ظهرت خلافات شديدة بين أيمن الظواهري وعبدالله عزام الذي ارتأى أن سياسة كهذه ستؤدي إلى شق وحدة الصف الإسلامي.
قد اشتدت الخلافات بين قادة الجهاد في أفغانستان حول الخطوة التالية بعد الانتهاء من تحرير أفغانستان، ففيما كان يرى الظواهري و أسامة بن لادن أن الحكومات العربية والولايات المتحدة الأمريكية يجب أن تكون الهدف التالي كان عبد الله عزام يعتقد أن فلسطين يجب أن تكون قبلة المجاهدين المسلمين، وقد بدأ عزام بالفعل بالإعداد لذلك من خلال البدء بتدريب عناصر في أفغانستان وباكستان استعدادا لإرسالهم إلى فلسطين للمقاتلة مع حماس، إلا أن اغتياله حال دون وقوع ذلك، وهذا ما يجعل بعض المراقبين يعتقدون بأن الظواهري أو إسرائيل أو كليهما معاً قد يكونا ضالعين في اغتياله، إلا أن نجله حذيفة وزوجته يستبعدان أن يصل الأمر بالظواهري للمشاركة في قتله على الرغم من تأكيدهم على وجود عناصر باكستانية وعربية أفغانية مشاركة في ذلك، وشهد الأردني همام خليل البلوي المعروف بأبو دجانة الخراساني الذي كان عميلا مزدوجا أن المسؤول عن عملية الاغتيال حسب اعتراف عضو المخابرات الأردنية المسؤول عنه هو علي بو رجاق
